На сьогоднішній день частина колекції музею виставлена на 4 і 5-му поверхах Українського Дому. Оскільки цієї площі не вистачає для розміщення всієї колекції музею, його фонди також розміщені у приміщеннях Музею М. Булгакова та «Будиночку Петра I».
В серпні 2011 року керівництво КМДА оприлюднило плани по розміщенню Музею історії Києва в скандально відомій будівлі торгово-офісного центру, яка зводиться з 2006 року за адресою вул. Б. Хмельницького, 7.
27 травня 2012 року відбулось урочисте відкриття і передача керівництву музею символічного ключа від нової 4-х поверхової будівлі по вул. Богдана Хмельницького, 7. Представники Головного управлінні культури обіцяють, що спільно з музейниками намагатимуться якнайшвидше сформувати експозицію музею до Дня Незалежності України.